为发挥复旦大学附属华山医院静安分院在神经医学医疗技术和康复医学方面的突出优势，吴阶平医学基金会努力整合华东地区县市级医疗机构的区域医学资源，根据国家相关法律法规的规定，在尊重双方意愿的基础上，与复旦大学附属华山医院静安分院经友好协商，拟开展全方位合作，并于2016年2月18日签署了战略合作协议。

2015年12月28日，吴阶平医学基金会与第二军医大学附属长征医院正式签署了开展区域医疗协作的战略合作协议。

10月25日，吴阶平医学基金会、郑卫宁慈善基金会、深圳市北科生物科技有限公司三方签订战略合作协议，共同发起成立生物医学产业发展基金。此次基金首募超过两亿元，旨在以公益的方式推动干细胞临床治疗，让残疾人接受免费的干细胞移植。

7月17日，复旦大学附属中山医院区域医疗协作启动会在中山医院东院区福庆厅举行。中山医院院长樊嘉与吴阶平医学基金会理事长晓萌分别代表医院与基金会，签署战略合作协议，合作建立华东地区医疗协作服务中心。在协作服务中心的框架下，将首先启动多学科会诊服务，以及特需门诊远程会诊服务。顾建英副院长主持会议。

2015年3月27日，中共青岛市委、青岛市人民政府与吴阶平医学基金会、中美【健康中国】专家委员会等一批中外知名医学医疗机构，在北京国家会议中心举办了青岛市医疗卫生“三优工程”推介签约会。